南京医科大学强于安医大。
对一个安徽考生来说，建议考安医大，虽然今年安医大实力突飞猛进，但是比南医大实力还是要逊色一些，安医大在安徽招的考生比较多，优先考虑本省的考生医院也是一样的，在哪里读书最后就可能留在那个医院，你在读书期间，包括你的老板，师兄弟，同学，朋友都可能是当地医院的，当你要考当地医院时，在面试的时候会比较有优势。所以还是建议考安医大。
对于安徽考生想考南京医科大，必须达到985的分数才能进，当然南京医科大学全国排名前十五，虽然不是985和211，但每年在安徽招生人数很有限
如果你只想在乡镇卫生院工作，两个学校都行，到县医院本科毕业生只能去辅助科室，临床可是要研究生；市级医院只要研究生，硕士都不一定行，博士最好，省级大医院则进人只要博士，还不一定能进去，导师不出名的还不一定行。
单从两个学校比较，那还是南医大更好点。