如果是军籍学员选国防科大、如果是无军籍地方生选哈工大本部。
下面先对两所院校计算机专业办学实力进行一下比较：
哈尔滨工业大学
哈尔滨工业大学，位于黑龙江省哈尔滨市，现有哈尔滨、威海、深圳三个校区。工信部直属高校。是国家首批“985工程”“211工程”重点建设大学，2017年首批入选国家“世界一流大学和一流学科”建设名单。被誉为工程师的摇篮。
哈尔滨工业大学，在教育部第四轮学科评估中，A级，计算机科学与技术。
哈尔滨工业大学计算机专业创建于1956年，是中国最早的计算机专业之一。计算机科学与技术学院拥有计算机科学与技术国家一级重点学科、7个博士点和7个硕士点、1个博士后科研流动站。学院现有中国工程院院士1人，国家杰青2人（含境外）教育部跨（新）世纪人才9人，博士生导师41人，兼职博士生导师8人，国家教学名师1人，省级教学名师2人，校教学名师1人，校教学带头人8人，教授40人，副教授61人。教师的平均年龄为41岁。
国防科技大学
国防科技大学，是直属中央军委领导的军队综合性大学，也一直是国家和军队重点建设的院校。是第一个五年计划国家156项重点建设工程之一，是中共中央1959年确定的全国20所重点大学之一，是国务院首批批准有权授予硕士、博士学位的院校，是全国首批试办研究生院的院校，是首批进入国家“211工程”建设计划的院校，是军队唯一进入国家“985工程”建设行列的院校，也是军队唯一纳入国家“双一流”建设支持的院校。
国防科技大学，在教育部第四轮学科评估中，A+级，计算机科学与技术。
国防科技大学计算机学院起步于1958年，1966年成立全国第一个电子计算机系，1971年扩建成计算机系兼研究所，1999年成立计算机学院。学院下设计算机科学与技术系、网络工程系、计算机研究所、软件研究所、微电子与微处理器研究所、网络与信息安全研究所、并行与分布处理国家重点实验室和银河计算机工厂。
学院从1981年取得计算机组织与系统结构学科的博士授予权开始，先后建立了8个二级学科博士点、9个二级学科硕士点。涉及5个一级学科、9个二级学科，初步形成以计算机科学与技术一级学科为核心，以工学为主，理工结合的学科布局。其中“计算机科学与技术”学科，在2002年和2006年全国一级学科整体水平评估排名第一和第二；“计算机系统结构”成为国家首批重点学科；“计算机软件与理论”和“计算机应用技术”相继成为国家重点学科；“计算机科学与技术”学科成为国家首批一级重点学院。
学院现有教职工800多人，其中两院院士2人，高级专业技术职务200多人，在岗博士生导师40多人，硕士生导师100多人，具有博士学位的150余人，具有硕士以上学位（含）的近300人。先后涌现出“何梁何利”奖获得者3人，国家级有突出贡献的中青年专家10人，享受政府特殊津贴64人，进入国家“百千万工程”人才库6人，中国青年科技奖获得者4人，国家杰出青年基金获得者4人，全国优秀教师2人，全国高等学校优秀骨干教师1人，“求是”奖获得者4人，全国百篇优秀博士论文获得者3人，进入教育部跨世纪优秀人才培养计划2人，进入教育部新世纪优秀人才支持计划5人，有突出贡献中青年专家10人，有30多人次在国家学位委员会学科评议组、国家教育部教育指导委员会、国家自然科学基金委项目、国家973计划、国家863计划等国家重要学术机构中任职。
以“天河”二号为代表的大批自主创新成果。取得了以“天河”系列超级计算机系统、“北斗”卫星导航定位系统关键技术、“天拓”系列微纳卫星、激光陀螺、超精加工、磁浮列车等为代表的一大批自主创新成果，为我国“两弹一星”和载人航天等重大工程作出重要贡献。学校研制的天河二号超级计算机系统连续六次摘得世界超算桂冠。
通过以上了解可知，虽然哈尔滨工业大学和国防科技大学都是985重点大学，但是在教育部第四轮学科评估中，国防科技大学的计算机科学与技术获评A+级，而哈尔滨工业大学的计算机科学与技术获评A级。说明国防科技大学的计算机科学与技术的办学实力更强。
所以个人认为：选择国防科技大学。
计算机专业，是目前很多高校几乎所有所有高校都开设的专业，哈工大和国防科大，国内科研实力巨无霸两所高校，到底二者在专业上有那些倾向区别？
哈工大，国内知名的C9联盟高校，综合性大学，其优势专业主要集中在航空、航天、材料、电子、计算机、电气、自动化、俄语等，在东北地区，可以号称排名第一的学校，其计算机专业的设置和发展也是围绕着它的专长专业存在的，所以，哈工大的计算机，主要倾向于航空航天器相关的应用领域，只是地域原因，使其的存在总让人有一种距离感。
国防科大，国内985高校的佼佼者，只是整个学校相对低调，其光电、信息、计算机等领域发展也是行业翘楚，计算机专业的发展，重点倾向于大数据计算与处理，毕竟银河计算机就是他们设计和运作的。
所以，在高校层面来说，哈工大C9，剩下的方向两个学校各有专长，在专业领域都是很厉害的，只是侧重点不一样，对于未来就业或者继续升造机会，两个高校都没有问题，希望这样的回复能对你有所帮助。
学计算机，哈工大和国防科大该怎么选择？
学校简介
哈工大是哈尔滨工业大学的简称，位于黑龙江哈尔滨，隶属于工信部。哈工大是985、211、世界一流大学建设高校，有本部、威海校区、深圳校区三个校区。哈工大工科非常牛，工科排名全国第二，第一自是我国的顶级学府清华大学。
国防科大是中国人民解放军国防科技大学，位于长沙，隶属于中央军事委员会。是我国唯一一所985军校，也是世界一流大学建设高校。在这里特别需要指出的是，国防科技大学和国防大学是两所不同的学校，后者只面向军队招生。
国防科技大学传承于哈军工，有“军中清华”的美誉，学校非常不错。银河计算机大家都知道，就是国防科技大学研制的，牛吧，厉害吧。
哈工大、国防科技大学计算机对比。
在上一篇问答中，我也讲到，对比计算机要从计算机科学与技术、控制科学与工程、电子科学与技术、信息与通讯工程软件工程、数学这六个一级学科对比。因为除开数学，其他5个一级学科是计算机的主要学科分类。
同时数学和计算机联系紧密，计算机的专业课就有很多数学相关课程。比如高等数学、线性代数、概率统计、离散数学等。同时计算机考研，数学时比考科目，而且考的是难度最高的数学一。
教育部的学科评估数据只最具有说服力的，通过查询2017年教育部第四次学科评估结果，我们将两所学校的上述六个学科进行对比。
通过对比我们发现：国防科技大学2个A+，2个A，2个B+。
哈尔滨工业大学1个A+，1个A，3个A-，1个B+。
个人认为国防科技大学的计算机比哈工大略高一筹。
两所学校类型不同。
哈工大是理工类院校，而国防科技大学则是军事类院校。
正因为两所学校的类型不同，两所学校对学生的招生要求、学费，毕业找工作都不同。
国防科大的学生招生的时候，要更严格一些，同时上大学就是国家的人了，学费什么的都免，而且每个月有1000元左右的津贴。毕业后也不需要太考虑工作的事。
对于工作这件事，每个人看法不同。
能进这两所学校的任意一所，都是非常不错的。喜欢军队生活、有军人情怀，可以多考虑国防科技大学，反之考虑哈尔滨工业大学。