建议你直接升本吧，制药工程以后需要一些资格证，是有学历要求的。并且本人生物工程，深深的知道这一类专业学历很重要，本科学习你能学到很多知识。许多的实验操作技能，这个你提前工作真没什么用，大学期间就能学习到很多操作手法，学会仪器设备的使用。
制药工程专业本来就不怎么样放弃吧
本人2000年大学数学系毕业，回母校任教4年，2005年去日本留学回来后在上海创业。从教四年时光，对我人生的意义很大，让我懂得为什么读书，为什么工作，为谁付出。
我的建议是先工作，邓小平理论中说：“实践是检验真理的唯一标准”。
工作中再学习本科，针对行业学习知识，提高知识领域的深度。工作是体现人生价值的途径。专业学习是为了解决工作中的问题。
刚毕业时专科，本科找工作都一样，工资差不多，先到者先得。
学习是无止境的，活到老，学到老。希望在有限的生命里，用我们所学知识为社会做点贡献。
大专制药工程即将毕业，是升本好还是工作好？其实这个看你个人职业规划，人生规划！
首先，如果你是打算长远发展的，想往上爬的，那肯定是先升本的，说句不好听的！现在本科满大街，专科真的没有优势，除非你随便找个工作，先就业，再择业，除非你能力突出，技能突出，个人能力突出的，不然只能低工资低起点的在普通企业混着。
反观升本，你可以在升业期间考完各种所需的，有含金量的证书，能提高自我价值，加分的证书，有机会的话顺便考了英语四六级！虽说未来并不知道怎样，但起码你自身的筹码更多了！但实际上，可能有些人因为家庭原因，再升本不仅要更多的时间学习，家庭也会负担大，自己又没有收入来源，还要交学习！这时候你可以选择一边工作一边升本！当然，你得选择正规的渠道去升本，某些不良教育机构千万谨慎！一边工作一边升学历，这是大部分学生因家庭原因而选择的，但实际上还是结合实际情况！
当然啦，不管怎么说，本科学历起码比你大专学历更有优势的，各种证书也是关键，起码让你起点更高，或许你专科出来找工作也未必找得到很好的工作！要么试着趁刚毕业先去面试一番，看看企业的应聘要求，和给你的待遇条件，如果和本科差别过大，那就继续进修！面试的时候千万脸皮要厚，多面试有利于提升你的口语交际，多经历还是好的，就算不成功也没什么，面试就当历练经验吧！
在回答之前，先想想：
1、大专制药工程出去后，有什么工作合适？
2、专升本符不符合自己的职业规划？
先说下第一个，制药工程第一适合的行业是药企，通过生产流程的划分，可以做生产研发人员、管理人员、销售人员（医药代表）、质检人员、药剂师等……你的专科学历足以胜任哪一个职位？我估计只有销售人员了……
当然除了在制药企业中工作外，还可以进入国家政府机构，比如药品监督管理部门、药监局、医院药剂科等，也可以在科研部门在这个领域继续深究。但是如果你想在这些单位里立足，大专足够吗？
所以说下第二个，你自己的职业规划如何？
如果想出去工作，找一份工作即可，不要求专业对口，那将会一条很苦逼的路，请提前做好准备。当实际工作中，学历的重要性，撇去个人能力强、人脉广、背景强等因素，是毫无疑问的，而且陪伴你一生。
如果你想进入药企、国家、事业单位、科研单位的管理层、技术岗，学历更是有效的敲门砖，而大专学历可能连砖头都算不上，因为太多一本、二本的本科毕业生。如果想从事这方面的职业，不仅建议专升本，甚至有可能有机会的话试试考研。
无论做什么，提前的规划，才能让你清晰知道自己应该做什么，怎么选择。