看你怎么想！
两个都是非常好的大学。
看你分数，南科大专业任选，哈工深你分数差一点，你可能会调剂你的专业。
如果你分数非常高，南科大有非常高的奖学金。
南科大新，很有钱，跟国际接轨比较多
师资力量好，南科大生源好，不要复读生，还要智商测试，死记硬背死读书的人去不了
南科大目前处于扶持、炒作阶段，还看不出其未来！
有可比性吗？
提醒大家，哈工大深圳的毕业证上印有深圳这二个字。哈工大招生办说的。哈工大其他分校，不会印上分校的地名。
如果你不认真思索，你会得出非常错误的结论。
通过近五年的全国人民的分数投票选择，结果已经出来了，那就是哈工大深圳&;南科大。是哈工大深圳明显好于南科大。
我认为这是由以下原因决定的：
国家定位：哈工大是中国航天第一校。航天在国家地位是第一档次的，决定了哈工大是第一档次。从首批985中的C9也可以看出。同时哈工大有双一流学科8个，南科大1个。从学校建校使命不一样：哈工大是苏联帮助建立，是国内学校苏联的两个样板大学。南科大是国内大学帮助建立，是二道贩子，改革开放前沿的新型大学。哈工大深圳是深圳+哈工大。哈工大深圳是哈工大的深圳校区。国家没有明确给南科大定位。所以国家定位，哈工大&;南科大，由于哈深是哈工大的校区，也就是哈本&;南科大。
世界排行：哈工大在USnew工科排行全球第四。而哈工大深圳主要是工科。从这点看，哈工大深圳&;南科大。单从排名看，读工科，除非全球前三名外，选择哈深即可。
师资力量。哈深的师资是哈工大的一部分。哈工大师资&;南科大，也就是哈深&;南科大。师资不能单纯看帽子，而要看是否已经成为学校的文化，哈工大是上百年积累的优秀文化传承，培养能力是伴随教师成长而来，而不是挖来帽子能得到的。不然，花大钱多买几个诺贝尔奖的教师，就可以超过清北超过美国的大学了？
三大奖：哈工大&;南科大。哈深是校区，也就是共享哈工大资源，哈深强于南科大。
校友资源。哈深共享哈工大校友。哈深&;南科大。
生源质量。哈深&;南科大。
就业质量。无论选调，还是就业其他体制内如航天等，还是平均待遇。哈深&;南科大。保研质量和考研质量，哈本&;南科大。因为哈深工科本来就是全球第四，就读哈工大就已经代表读研质量了。
。。。。。。
其实这两个学校本不应该放在一起比较，既然你提出来了，我就个人看法回复一下。
相同的专业肯定是南方科大好，且好出一大截，看学校的老师都是世界顶级的，譬如南科大翁文康分别在港中大加州理工牛津大学和哈佛大学学习和研究，在量子计算机领域做到世界领先。且南科大这样老师还有很多。在专业领域比清华和北大还要好。而哈工大老师多数都是内地大学培养的博士。
如果你有深入了解的话，当然选南科大。南科大学风非常浓厚，双语教学，如果你不怕吃苦，到南科大读书能学到
有亲戚分别在哈工大深南方科大，结论就是哈工大强多了，不在一个水平上。
哈尔滨工业大学(深圳)是c9名校哈工大的深圳校区，南方科技大学是所位于深圳的优秀新型大学，各有特色。先说总体印象，论知名度和社会美誉度，借助母体哈工大的优势，哈工深不弱于南科大，甚至因哈工大的缘由受到很多人的追捧;论综合实力，南科大&;哈工深;论生均资源、发展速度和前景，南科大&;哈工深;论办学质量，缺乏数据支撑，哈工深第一届本科生2020年才毕业，南科大2019年才招第一届研究生(2018年刚获批博士、硕士授权点，以前都是联培)，个人感觉，目前，哈工深在研究生培养上可能更强一些，南科大在本科生培养上可能更好一些。下面重点介绍2校本科层次办学情况及上述认识的依据。
一、学校基本情况
哈工深占地9.32万平(约140亩)，于2001年成立哈工大深圳研究生院，2016年招收首届本科生376人，2018年以独立代码招收本科生。18年底，共有学生4900人，其中本科生1700人，研究生3200人。涵盖工、理、管、经、人、艺类别，2019年开设13个本科专业。
南科大占地3000亩，正式建于2012年，2011年自主招收自授学位的首届本科生45人，2012经教育部批准以631方式招收本科生，已有4届本科毕业生。18年底，共有5300余学生，其中本科生4000，研究生约1300人，有少量留学生。以理、工、医为主，兼具部分特色商科和社科，正在筹建深圳创意设计学院，2019年开设29个本科专业。
二、决定办学质量的教育核心要素情况
1、办学理念和体制
哈工深作为哈工大的一个校区，办学体制与哈工大基本一致，大家相对熟悉。
个人感觉，南科大办学理念和体制要优于传统学校，办学体制近于国际化。招生上开631招生先河(涵盖全部本科学生)，有利于选拨到更有创新潜质的学生;基于2+2/3+1模式，大二/大三自主选择专业，为学生基于兴趣自主学习，创造了更优越的条件，也成为各院系提升教学、科研水平的强大竞争压力;立足“三化三制三创教学，包括全方位的国际化教学、基于自由和竞争文化上的自主学习、给予本科生全员参加科研的机会和资源等;教授们的独立PI和非升即走;以国际顶尖高校校长组成的咨询委员会为学校把脉，校长办公会进行重大行政决策，教授会和学术委员会履行教授治学任务，以深圳市长为理事长的多元化、高层次理事会完成背书，等等。
2、师资力量
哈工深，专职师资350人，兼职150人，其中国家级人才有院士18人(含共享院士，全职11人)，长江学者和杰青共10人，大干4人、青干14人，万人2人，百干万工程人才5人。同期本科生1700人，学生总数4900人。
南科大，专职师资600余人，其中国家级人才有院士27人(全职11人，16位长期访问院士)，长江学者21人，大干64人、青千84人，万人6人、百干万工程人才无数据，杰青24人，建有全国第1个诺奖实验室，聘有菲尔茨奖、图灵奖教授。同期本科生4000人，学生共5300人。
对比分折:
师资整体实力:南科大&;哈工深;高端师资:南科大优于哈工深。这是形成综合实力的一个关键要素。
生均师资质量:师生比:南科大&;哈工深;生均高端师资，南科大&;哈工深。这是构建办学质量的一个关键要素。
从师资整体实力对比也验证了对两校综合实力的判断。对学生个人而言，最重要的是生均师资质量，它从很多程度上决定了学生的培养质量。
3.办学条件和投入
作为2所新校，食宿条件大体相当，整体而言南科大的教研条件可能配套更齐全、配置更高。投入方面，19年财务预算，投资规模南科大29.4亿&;哈工深8.2亿;投资强度，南科大&;哈工深。当然，这对于象南科大这样一所高端定位、高速发展的新校，保持一定时间持续高强度的投入是非常必要的。
4、本科生源质量
南科大全体学生采用631模式，录取学生时高考成绩只占6成，为便于比较，这里只采用录取学生的高考成绩;由于没有第三方关于哈工深的数据，这里暂借用哈工大、可能偏高一些(因为一般而言，异地分校或校区录取学生的高考均分都会低于本部)。使用国际公认度较高的四大排行榜之一软科数据(以各省市高考均分和人数占比加权计算而得，有一定的科学性)，19年(统计的是17年高考数据)和18年(统计的是16年高考数据)的情况如下:
哈工大稳定: 29(16级)→32(17级)，南科大提升: 38(16级)→31(17级)。
三、学校定位差别
哈工深是哈工大高等教育改革的试验田、汇聚高端人才的桥头堡、国际化办学的示范区，是哈工大实现“中国特色、世界一流、哈工大规格”目标的重要组成部分，是深圳市高等教育体系的重要成员。
深圳是我国最具创新活力的大城市，经济总量已超越广州、香港，但高等教育落后、尤其缺乏一流大学，为了补齐短报、支撑自已转型和可持续发展，深圳对高等教育倾力相投。另一方面，我国高校大幅度扩招后，众多国内一流大学面临大而不强等诸多难题，高教改革呼声极高。南科大2012年应运而生，一边承载着深圳市快速建成国际一流大学的重托，一边是我国高等教育综合改革的试验田。
个人感觉，南科大定位上要明显高于哈工深;2018年11月，2所学校都取得了不错的定位落实，南科大列为广东省一流大学重点建设高校，哈工深列为广东省一流学科重点建设高校 ，这可能也是上述教育核心要素配置差异的一个关键原因吧。
总的说来，这2所学校都是非常棒的。就本科而言，得益于哈工大的大力支撑和深圳市的有力保障，哈工深的工科可能会发展得非常有特色，国内读研机会很多。得益于教育部和深圳市的鼎力支持，南科大作为目前大陆最国际化的新锐公办校，理工医都会发展得非常好，学生出口更多元，境外深造机会很多。
近期，哈工深的2020届本科毕业生相关数据新鲜出炉，搜集了两校相关信息，供大家参考，至于详细情况，明年可查阅两校毕业生就业质量报告。
作为哈工深首届本科毕业生，该届同学的出路挺好的。总就业率86.7%，包括升学率54%；升学方面，保研率为19%、境外深造的为18%，在63位同学拿到的128个境外升学offer中，有43个为世界排名前top50校，占比为三成；直接就业的同学约为32%，就业单位中有华为、腾讯、恒大、深圳证券、中国银行、中建八局等知名单位。
南科大2020届本科毕业生的出路也不错，总就业率近93%，包括升学率65%；升学方面，保研率为20%、境外深造的为35%+，142人直博、占比24%，境外深造同学超过50%入学世界排名前top50校；直接就业的同学约为28%(260人)，就业单位中既有BAT、京东、小米、大疆、迈瑞医疗、商汤科技、德勤、普华永道、蚂蚁金服、中信证券、招商证券等知名非公企业，也有电子科技集团、航天科工集团、华润、各大国有银行、中国电信、中国移动等国企，还有20余人当老师、做选调公务员。
我是百Win中学教师，很高兴能回答这个问题啊！
哈尔滨工业大学隶属于中国工业和信息化部，中央直管副部级大学，985、211工程大学，“双一流”A类大学，“2011计划”、“111计划”、“珠峰计划”、“卓越计划”重点建设大学，是C9联盟和卓越大学联盟重要成员之一。
哈工大为了摆脱地理位置和东北经济的限制，在我国大学中最早实行跨省校区，一校三区(哈尔滨、威海、深圳)，哈尔滨工业大学深圳校区是哈尔滨工业大学三大跨省校区之一，是哈工大“一校三区”办学格局中的重要组成部分。哈尔滨工业大学威海校区高考投档分数在逐年递增，2017年有相当一部分省份招生分数超过一本线100分以上，而哈尔滨工业大学深圳校区在全国各省市高考投档线更高，招收分数甚至高于南方名校中山大学、华南理工大学。
南方科技大学是一所建校时间较短的大学，2011年南科大教改实验班开学，2012年教育部同意建立南方科技大学，南方科技大学是一所以理工科为主、兼具部分特色人文社会学科与管理学科的大学，它是我国高等教育综合改革试验校，由广东省领导和管理的全日制公办普通高等学校，是深圳市创办的一所创新型大学。
南方科技大学目标定位是迅速建成国际化高水平研究型大学，建成我国重大科学技术研究与拔尖创新人才培养的重要基地。
南方科技大学虽然当初目标定位比较高，但是通过近些年发展来看，也不没有预期效果好！毕竟是新型大学啊!但是哈尔滨工业大学就不一样了，老牌工科名校，工科在国内外闻名，另外哈尔滨工业大学在国内外影响力也比较大，从建国到现在都是国家重点建设的名校，而哈尔滨工业大学深圳校区将借助深圳成为超一线城市的契机，又加上哈工大深圳校区师资力量按照哈工大实验班师资配备，师资力量非常强大，所以哈尔滨工业大学深圳校区未来前景不可限量啊!