大脑自我保护的办法是：选择用头颅和脑膜将自己包起来，利用他们来减缓外界的冲击。位于外层的头颅可以有效的防止外物的打击，所以即使你撞上了电线杆，你的大脑也不会受到伤害
保持身体健康，保持脑力和体力运动，活动，劳动健康和正确。保持每时每秒安全和平安。做到免受死亡。
大脑可以收集外界信息，当接收到可能导致人死亡的信息后，就启动人体应急程序，最大限度提升人活下来的几率，这个时候人的反应能力和力量会有提升，比平时更强。
大脑是非常复杂的器官，可以通过激素和体液两个方面调节人体的功能。神经调节由于是靠神经元细胞膜电活动引起，而细胞电活动比较迅速，是一种相当迅速的反应方式，分为条件反射和非条件反射，前者是经过训练获得的能力，比如练武之人在遭受到威胁时身体会迅速地作出格挡等反应，其中枢在大脑皮层，是一种高级的神经调节形式，不需要过多的思考，大脑自动控制人体迅速地反应；
非条件反射是人类在进化过程中形成的先天性的行为，饿了知道找吃的，渴了会喝水，当眼前突然飞来一个物体的时候，会反射性地立马紧闭双眼，中枢在脑干和脊髓，只较为低级的调节方式。神经调节需要有足够灵敏的听力、视力、嗅觉、触觉等感觉，可以使人较为警觉危险因素，从而能够及时地摆脱危险环境。
激素调节较为缓慢，同时也需要神经参与调节。激素来源于一些内分泌细胞，可以将激素旁分泌到周围细胞，也可以将激素排入血，顺着血液系统通向全身。当遭受到危险因素后，情绪中枢产生对应的情绪，而情绪等不良因素会导致人体启动应激程序，在神经内分泌器官下丘脑的作用下，控制人体释放更多的刺激能量正向释放的激素，如甲状腺素、肾上腺素等，同时使人体血液重新分布。
具体表现为血液向肌肉更多地分布以保证肌肉供血，减缓内部脏器的活动，保证肌肉系统的灵活和供能充足，肌肉内部的糖原更快地分解，并且在激素的作用下更快地向线粒体中输送；心脏以更高频率跳动以向肌肉输送更多的血液，保证氧气和养分的输入，呼吸频率也寻找增加；大脑的血流量也会增加，提升人的反应能力和思考能力。所以在一些传说中，人在遇到危险时，身体机能能够大幅提升，跑得更快力气更大大脑中不停地形成新的对策；泌尿和排便系统活动减弱，防止在做出对策时又拉又撒。不过也有例外，在强烈的刺激下，少数人会因为剧烈的恐惧而憋不住屎尿。
尽管人体有很多对抗危险的方式，但是激素的作用也可能产生副作用，人可能会因为剧烈的生理或者精神冲击而晕倒，也可能会导致反作用，斯德哥尔摩综合症就是一个反例，是受害者在遭受危险后甚至反过来同情帮助和依赖施害者的一种反常心理现象。
一方面，当意识到危险来临时，大脑会迅速作出判断，肾上腺素飙升，整个人处于紧急戒备状态，随后会采取快跑躲避或者迎面攻击的行为，这和大草原上的动物遇到危险的表现是很类似的，这都是大脑作为中心指挥部的重要作用；另一方面，当对身体的危害躲无可躲，人类的大脑外面还有着厚厚的脑壳，这种构造也是为了最大限度的来保护大脑，而且人受到攻击第一时间会采取抱头的姿势来自我保护，脑死亡和心脏死亡几乎都是没救的，所以人类的进化很奇妙，能最大程度上保护我们的中心司令部大脑