一个是泛称，一个是特指，马琴，马维衡亲斫
马琴是一种马头形的乐器，来源于蒙古，属于一种两弦乐器。相传是牧人为了纪念和自己形影不离的伙伴，用以回忆过去，特意将马的腿骨和头骨取出一部分，制作成乐器。
古琴是七弦琴，属于拨弦乐器。二者的发音和音律不一。
高山流水遇知音是古琴，风吹草低见牛羊是马头琴。
前者更适合江南的青山绿水，后者更适合塞北的大漠孤烟。
区别大了去了。
首先你想说的是马头琴和古琴的区别吧，无论是从琴的音色还是形态都是不同的，流行的地区也是不同的。
马头琴与古琴都有指板。古琴六根弦12356定弦。是弦与按揉发音。马头琴拉弦乐器类似大提琴，但只用二个弦。
以我的知识，马头琴，应该是少数民族的乐器，古琴应该是汉族正宗，流传数千年之久。马头琴的弹奏，粗放，自由，热情，草原上弹奏。策马平川，狂放不羁。而古琴是代表着中国士大夫文化的，温婉清约，内外兼修，起承转合讲究内圣外王，弹奏起来就是超凡脱俗，以出世的精神做入世的事业。
样式，声音都不一样，
马琴和古琴一个姓马一个姓古。看名字应该是俩女孩子。虽然未曾谋面，但是从名字上看马琴的性格应该稍显活泼，而古琴则更加沉静一些。
“琴”
是独指中国的七弦琴，生于伏羲采蚕丝于木块上，观太阳十二月长短而成五弦琴，后周朝加文武两弦共七弦琴至今三千年。是中华文化、东方人文最为蕴涵、体现的乐器，为最早的琴类，“琴”字就是以琴作象形而成字，由琴而产生会意字“樂”(采白蚕的丝于木块上得到不同的音，为音乐)，后来产生的各类琴为区别中国琴，加上性质名称，如马头琴、竖琴、提琴、钢琴等。
琴为中国乐器，中国乐器名字只有一个字如箫、笛、鼓、筝……，外来的、少数民族的名称为多字，如二胡、唢呐等。“古琴”是两个字，不应当是中国的，可能是韩国的？！
琴也有古新之分，“古”为时空远古、古董、作古、死古之说，按时间来说民国前的琴可叫古董琴、简称古琴；开个古琴馆，一看第一思维是“开古董行中卖古董琴类的馆子”。“斫古琴”一听便是在防造、伪造、造假古时候的琴。为什么不叫“琴馆”、“斫琴”呢？按空间来说从坟里挖出来的琴也叫古琴，如从刘贺墓里挖出来的琴，时空上都叫“古琴”。中国现在琴家斫出的琴叫“古琴”，难道造出来都要放坟里再拿出来吗？
现在每个琴人，都有责任找回“琴”，为了区别“钢琴”而叫“古琴”，是谁说的？琴有五千年了，而钢琴仅有200年，人的名字只有儿子让讳祖子，哪有祖子让孙子的？孙子要取一个名字，但是与祖父重叠，哪有改祖父名字成全孙子的？更何况人家钢琴不需要简称“琴”，人家都叫“钢琴”。更不能崇洋媚外叫“古琴”，难道是美国人帮我们申遗，我们感谢西方而叫“古琴”吗，大没有这个必要，文化自然、自信更重要。东方被西方偷去的东西太多了，如“上帝”本来是东方的昊天上帝，现在是哪个？“圣诞”又是那个？“琴”就是下一个吗？
从我你做起，我们叫七弦琴就叫“琴”试试，十年后找回我们的“琴”。
我认为马头琴作为两弦的弦乐器，形体为梯形的琴身和雕刻成马头形状的琴柄，是蒙古人使用最为常见的乐器。《清史稿》载：“胡琴，刳桐为质，二弦，龙首，方柄。槽椭而下锐，冒以革。槽外设木如簪头以扣弦，龙首下为山口，凿空纳弦，绾以两轴，左右各一，以木系马尾八十一茎轧之。所以区别于古琴主要体现在名称，音色，造型以及演奏方法。是具有民族特色的地域性演奏乐器。而古琴最早出现在古籍伏羲作琴，又有神农作琴、黄帝造琴、唐尧造琴等一系列。相传；舜定琴为五弦，文王增一弦，武王伐纣又增一弦为七弦；古琴共有标志音律的13个徽，亦为礼器和乐律法器。属于八音中的丝。其音域宽广又以音色深沉，余音悠远而著称。古琴中最粗为一弦，最细为七弦。音色旋律上和马头琴具有本质上的区别而且形状长柄状。