你这个问题有点奇葩，在县乡级已经正科了，理论上不会让你去这两个岗位了，如果是副科级干部，那么我就回答一下。这两个职位我都干过，各有千秋。想进步就去乡镇副书记，不想拼搏了想躺平安稳过日子又有点小权利让周边人有所尊重就副局长。
差不多
正科到乡镇做副书记？？？？
都好。
看年龄，年轻下去锻炼锻炼，以后有资本更进一步，现在有基层经验的年轻干部受重用。如果岁数大就算了，
现实中书记、镇长回县城进班子、当局长或副局长甚至主任科员较普遍，乡镇副职回县城当副局长很少很难，组织上一般不考虑。
乡镇里的专职副书记、只有一人，短时年限内、就能扶正；
到局里，当副局长？有好几个副局长，都是资格老、有背景、想扶正是很难的；
还是在乡镇，等扶正之后、再上城里，最少当正局长、说不定还能升为副县（处）级；
权衡利弊、还里留在乡镇好，如果你年龄己达50岁左右、可以去当副局长，等于到城里买房、准备养老；
一般来讲，做到专职副书记的份上，若仍在乡镇，升人大主席问题不大，也就是说升一级主任科员可能性大。当然乡镇压力大待遇低也是普通存在的。主要表现在年终奖比城里少不少。
如果到城里，工作相对单一，形式的东西多一些，升一级一般在退休前两年才有可能。如果年终奖今年不取消，收入也是不错的。
当然，从工作生活兼顾的角度考虑，其实待遇已不重要，快乐就好，有价值就好。
呵呵……
这样说吧，首先已经正科级，目前职务得考虑？抛开目前只讲未来，那么大方向肯定是下乡干副书记，目前应该是人大工委主任副书记才是正科，这是乡长第一顺位接班人，就是在本乡接任不了，组织上也会考虑你去一些小的乡镇接任，不过下乡很苦，干不好挨处分前途全完蛋，不负责环保还好一些，信访现在处理人比以前宽松多了，如果能只抓机关事务，党建党政办，三资中心那就最好了不过了。另一条路当副局长，首先优势是正科级副局长，比副科级副局长强太多了，甚至有的大局有副书记，那是二把手，抛开副书记只说副局长，那么只推荐财政，劳动，和当地一些重点产业的副局长各个地方不一样，你懂的，其他局不推荐，如果非要推荐再推荐一个大局，不过我们这是事业编，城管局，出了名的人多钱多权利大！
半个月前，我参加了老家县里几个同学的小聚会。席上，主持人给大家相互介绍情况。
由于我多年没回家，对一些同学的近况不是很了解。当介绍到一位女同学的丈夫情况时，让我很费解。
如果称呼县某局副局长、某办公室主任，我心里立马反映过来那是副科实职、正科实职。但介绍到那位女同学的丈夫时，主持人说这是“李正科”。在官场上，一般很少强调正科的，如果是科长，那就是李科长，是局长就称李局长。
而这个叫李正科。是姓李，名字叫“正科”吗？问身边其他人，解释道：他是县高新区的“笔杆子”，享受正科级待遇，即二级主任科员。
原来，通常情况下，县里局长才正科副局长副科级。但有一个特例：
很多县里设有“经济开发区”“高新区”之类，这种单位一般都会高配干部，设为副处级。在这里工作的干部，与同级别单位调职相对要优越得多。那里二级主任科员、一级主任科员比县直机关多！
题主的问题，主要焦点实际上集中在“乡镇专职副书记和县直机关副局长哪个好”之上。
二者比较来说，专职副书记和县副局长都是实职，级别一样；未来发展情况，专职副书记下步有望晋升为乡镇长，副局长下步有望升为正局长。
但这只是理论上的分析。具体来说，一般情况下被称为”乡“的，都是行政区域比较小、人口比较少、经济发展比较一般的。未来发展，不是很看好。
当然，县直局也分大局和小局，财政局发改局等属于大局，个人发展比较好。
综合比较来看，我认为优先选择进县局当副局长比较好些。
师兄啊，您这个提问可勾起了我锦毛鼠一一江西杜建安心中的无限的思怀和念想啊！您的提问让我锦毛鼠一一江西杜建安思绪思怀万千啊！
您的提问让我锦毛鼠一一江西杜建安；思忆怀念起了那鞠躬尽瘁为人民和死而后已骨灰撒山河的敬爱的周恩来总理啊！让我仿佛又看到听到了那全国人民都无限爱戴的、那一块为人民服务的胸章从始至终戴到英魂撒河山的那一天的敬爱的周恩来总理，满怀深情地对全国人民说，我周恩来是人民的勤务员、勤务兵，人民永远是我周恩来的衣食父母啊！
师兄啊，一个正科级干部，如果他深怀有全心全意为人民服务的思想思维品德，在我锦毛鼠一一江西杜建安来看，无论他是当乡镇副书记还是当县局的副局长，他应该都是好样的！
所以，我锦毛鼠一一江西杜建安的回答是：只要他心中把党和人民的利益系于一心，只要他心中无贪念、只要他心中时时刻刻牢记奉公廉洁自律守法，只要他永远不忘初心，牢记入党誓言及初心，无论他是当乡镇的副书记还是县局的副局长，都是一样的好！
深切地怀念敬爱的周总理！周总理永远活在全国人民心中！！！
多谢邀请！
回答这个问题之前，我们先来分析一下乡镇专职副书记和区县部门副局长的优缺点以及未来有可能的发展方向。
先说乡镇专职副书记：乡镇专职副书记一般排在乡镇班子成员的第4个位次，仅次于书记、镇长和人大主任，但实际应该算是三把手。主要分工党政办公室、组织、宣传、群团、综治、信访维稳等，当然也少不了阶段性中心工作和包村包片工作，应该是事多事杂，“五加二”“白加黑”是经常的事，遇到重大活动或重要节假日还要信访维稳值班，忙的不亦乐乎。乡镇专职副书记未来的发展方向主要有两种，一个是区县较小部门的一把手，另一个是乡镇的镇长，都是非常不错的。对下一步更好的发展打下了比较好的基础。
再说区县部门副局长：区县部门副局长工作内容相对比较单一，没有乡镇那么杂乱，征地拆迁、信访维稳、环境整治等工作都不会涉及。除个别部门外，其他部门日常加班、节假日值班的频次也不会太高，应该说是比较清闲的。区县部门副局长未来的发展方向，一是转任部门一把手（直接转任的比较少），另一个就是下派乡镇锻炼（一般会争取本人意见），再进行提拔重用。
说了这么多，那么到底该如何选择呢？个人认为：如果年龄在42岁以下，对自己事业发展有想法的话，选择乡镇专职副书记比较好；如果年龄在42岁以上，时间精力有限且事业上无太多追求的话，选择区县部门副局长比较好。具体如何选择，还是要具体问题具体分析，希望你能够选到心仪的岗位。
肯定在镇（乡）干党委副书记好了，分管权力比较大，而且下一步进四大班子优先考虑（如果年轻的话），在县局干二把手兼党组成员也不是不可以，看你分管什么科室。是想着养老还是有发展，还是根据你自己。以上是我个人一些拙见[呲牙]
首先要明确题主说的正科级干部，是正科职，还是正科职级，比如二级主任科员。不同性质，岗位安排的学问也不同。
第一，正科职
也就是正科实职，属于正科级领导职务，对应县级机关和乡镇主要领导或者常委部门的常务副职。类似的正科实职转岗，如果不是有特殊原因，比如蹲苗、增加基层履历，一般不会从正科实职安排乡镇专职副书记或县局副局长，不符合干部使用惯例。像团县委书记，因为有提拔年龄要求普遍比较年轻，因此组织上出于培养干部需要一般都会安排他们到基层锻炼，比如去乡镇当党委副书记，或者是一些大局干常务副职，短期过渡之后再安排到重要岗位正职。除此之外，几乎不会有正科实职转岗再去其他县级机关或乡镇干副职的可能。由此判断，题主所说的正科级应该只是职级待遇。
第二，正科职级
如果是正科职级，比如二级主任科员，很多是由副科实职晋升而来，只享受正科待遇而非实职领导，那么再转岗里面的道道就多了。
假设任职年限足够，最理想的结果是直接转正科实职，担任部门或乡镇长职务，这种情况不多见，不过只要助力够强大，一切都有可能。显然题主不属于这种类型。剩下来只有一种可能——转实职副科，兼任正科职级。乡党委副书记和县局副局长都是在选择序列。
那么，是选择乡党委副书记还是县局副局长？
个人认为要从两个维度是分析。
首先要看单位性质。比如是不是大乡镇或者大局。如果是大的乡镇，以往乡镇主要领导都能得到提拔重用，那么去这样的乡镇当党委副书记显然是不错的选择，一来权力大了，二来有了拓展空间；同样如果是大局，比如财政局、发改局、都是实权部门，去这些部门担任副职权力大、实惠多，有更多和领导接触的机会，普遍发展都不错，也可以考虑选择。反过来，如果是小乡镇和县局，那么综合工作环境、家庭生活便利等方面考虑，留在县局当副局长比在乡镇要好，毕竟县局副局长一般只有几个，而乡镇副书记全县有很多个，含金量要高得多，工作压力也要小得多。
其次看个人年龄。年龄超过40岁，重心开始转向家庭和个人兴趣，建议考虑县局。到这个年龄，后期没有强大的资源支撑，横竖上升空间有限，与其去乡镇苦苦挣扎受苦受累，不如放下欲望留在县局干好本职，于个人于家人未必是坏事。反过来年龄不大，还有干事创业的决心和信心，又没有家庭拖累，可以去乡镇当党委副书记，一方面乡镇有工作补贴等收入，工资待遇比县局高，另一方面在乡镇锻炼大，干得好有很大概率转乡镇长或者人大主席，走上正科实职岗位。一旦拿到正科实职，以后即便不提拔副处实职，在退休前也能解决一个四级调研员。在县一级单位，能够以四调退休也算是功德圆满了。有这样的机会，完全值得搏一搏。
我的意见是年龄不超过40岁在乡里做专职副书记，40以上提拔无望了赶紧回城当个副局长，理由如下：
年龄不超过40岁的乡镇专职副书记还有继续提拔的可能，提拔为镇长的希望还比较大。一个县里面能到镇长或镇党委书记的岗位，职级上晋升为四级调研员机率比较大，在县直单位副局长能晋升到四级调研员的微乎其微，所以在哪里任职要看年龄。
年龄超过40岁了，提拔的希望要小些，去县直单位任副局长，工作要轻松点，日常不需要那么忙碌，提拔无望时学会华丽转身，不要再期望那些不切实际的东西了。
总之，不当一把手，继续往上晋升动力会感觉明显不足。正科实职对应的职级是二级主任科员或一级主任科员，继续晋升为四级调研员两个职位机率都不是很大，年龄超过40岁了，就要学会取舍，苦苦挣扎其实没有多大意义。
还有一种情况是，乡镇正科肯定比县直单位副局长的待遇好，因为乡镇有乡镇补贴，驻村补贴，如果想工资高点，继续待在乡镇也不错。俗话说，失之东隅，收之桑榆，两个岗位有得有失了，看自己如何取舍。